Introdução 

É possível excluir uma Nota Fiscal seja ela lançada manual ou importada (por XML, chave ou manifesto). 

Acesse o menu:  Compras -> Relatórios de Compras - Filtros

Consultando a nota fiscal 

Para isso, acesse a tela no Gerencial > Compras > Relatório de Compras e utilizando os filtros de busca (período, loja, fornecedor, categoria financeira, data de emissão ou data de entrada em estoque) localize a Nota Fiscal que você deseja excluir. Uma vez localizada, clique em Abrir: 

Removendo a nota fiscal 

No canto superior direito clique em Remover.

Confirme a operação: